NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析 （Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析 （ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析 (重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘 ...

基因组DNA是生命的蓝图，对基因组DNA实现任意尺度的精准操作代表对生命蓝图进行修改绘制的底层能力，是基因工程技术发展的核心。以CRISPR基因编辑技术为代表的技术进步实现了基因组单碱基和短序列尺度的精准编辑，基本解决了基因组精准编辑的挑战。

之前整理的一篇大综述 — Nature重磅综述 |关于RNA-seq，你想知道的都在这收到了热烈反响，阅读人数过万。 行文很长，最后精炼下来的文字近三万，适合深度阅读思考。 上次发出时，有读者留言说部分专业名词不理解。为了方便理解和对综述有个概览，特整理了 ...

人类基因组是由约30亿个字符组成的遗传“密码本”，决定细胞和个体发育的命运。该“密码本”中80%的字符能够转录成为“暗物质”核糖核酸（RNA）。这些“暗物质”RNA大多数都是不具有帽子结构的RNA（noncapped RNA，napRNA），且普遍作为非编码RNA（ncRNA）在基因 ...

RNA测序（RNA-seq）在过往十年里逐渐成为全转录组水平分析差异基因表达和研究mRNA差异剪接必不可少的工具。RNA-seq帮助大家对RNA生物学的理解会越来越全面：从转录本在何时何地转录到RNA折叠以及分子互作发挥功能等。 1.RNA-seq相关名词详细介绍了RNA seq的专业词 ...

肿瘤微环境（TME）调节着肿瘤的生存、维持、生长和免疫监测，在疾病进展和治疗反应中起着重要作用，如局部耐药、免疫逃逸和癌症转移等。阐明不同细胞群中TME细胞的组成及其功能有助于探索更有效的肿瘤治疗方法。 批量RNA测序（bulk RNA-seq）可以在给定时间 ...

近年来，高通量测序技术已经彻底改变了生物学和医学等学科的研究方式，使得在单碱基水平上对大量样本的核苷酸序列进行检测成为可能。 近年来，高通量测序技术已经彻底改变了生物学和医学等学科的研究方式，使得在单碱基水平上对大量样本的核苷酸序列 ...

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近年来，RNA-seq 以及 single cell RNA-seq 技术越来越多地被运用于多个研究领域，包括神经研究领域。通常在进行 RNA-seq 获得组织和细胞的高通量转录组数据后，研究人员会通过生物信息学分析，发现并揭示在特定组织细胞类型、生物学过程以及疾病发生发展中的 ...

S4对象在生成的时候会自动把gene symbol中带有下划线的gene symbol 替换为短横线，此R包是根据一个reference文件替换回去。 主要原理就是在读取reference文件时，生成一列fake gene symbol列，然后根据这一列去匹配R对象中的gene symbol，并进行替换。 S4对象，主要替换的是RNA ...